仙游寺始建于隋开皇十八年（598），始称“仙游宫”。仁寿元年（601），隋文帝为了在全国安置他早先得到的佛舍利，在这里创立灵塔，即法王塔，仙游宫便因建塔改寺，称仙游寺。
慧超纪念碑上满是游人的胡写乱画
唐代宗时，新罗国高僧慧超来大唐求法，受皇帝之命来仙游潭祈雨。德宗时，京城发生叛乱，皇帝来仙游寺避难，臣子乔琳在此代其出家禳灾。
注：慧超是新罗国的入唐学僧，也是我国佛教史上西行求法的密宗高僧和旅行家。他的著作是我们研究中国、韩国和印度佛教文化交流史的宝贵资料。
唐大中年间（847—859），唐宣宗李忱将仙游寺析建为三寺；黑河南面的叫仙游寺（亦称南寺），黑河北面的叫中兴寺（亦称北寺），另一寺毁于宋以后的战乱中。
明英宗天顺六年（1462），仙游寺由西域喇嘛桑加巴主持，复修扩建，改名为普缘寺。清康熙二年，募捐重修寺院，并恢复了仙游寺的原名。清乾隆和道光年间及民国初期，对此作过不同程度的修葺。1992年4月20日陕西省人民政府公布“仙游寺”为省级文物保护单位。
其他资料：宋嘉佑七年，苏东坡任凤翔通判时，曾两次到过仙游寺，满怀兴致，留诗多首，对逼水塔上十六方天王鬼神飞仙像作了鉴定：“非吴道子莫能至”。不但给这里留有文笔俱妙的对联，还在这儿制符调玉女泉中的水，至今被人们传为佳话。
二十世纪六十年代初，毛泽东主席书写了《长恨歌》，却未能写完，藏克家先生补写完成，并题跋，文字内容和书法均可弥补毛写的不足，可谓春兰秋菊相得益彰。在仙游寺刻碑为纪。跋语全文如下：
“毛泽东同志是伟大革命家，卓越的诗人。才高多能。致力书法，风格独具，为世所称。六十年代，曾书写白居易名篇《长恨歌》，行云流水，疏朗有致。显系忙里偷闲，游目怡情之佳作，惜世人罕见。今勒石流芳，以供欣赏。原诗太长，未能终篇，缺陷之美，弥足珍重。谨缀数语于后，以表景仰之。”
今人赵朴初、谢冰心、王任重、贺敬之、王蒙、冯牧、徐迟、张光年、周明、闫纲等众多名家都对该寺有题书，更加丰富了仙游寺的文化内容。
1996年11月20日国务院公布“仙游寺法王塔”为全国重点文物保护单位。
1998年7月，为了解决西安市长期面临的缺水问题，市政府决定引黑河水进城，而仙游寺与法王塔原址将规划为水库，本着“两利”的方针，政府先后五次组织专家开会论证。国家文物局有关领导和专家先后四次来仙游寺考察搬迁工作，就总体搬迁规划设计方案作了具体批复。国务院办公厅根据文物局的意见，1998年7月17日正式批示了同意搬迁保护，拨款近两千万，迁至与原址2.8公里的金盆北梁。
新址寺院参照仙游寺的历史版图，基本保留原格局，占地143亩，建筑设计面积5200多平方米，按照文物保护的要求，法王塔搬迁保护的原则是“修旧如旧”，“保存原状”，即法王塔拆下的每一块砖，都要原模原样的用于复建的法王塔上。因此，拆建法王塔就成为一项十分艰苦细致的工作。
史料记载此塔是隋文帝为安置佛舍利而建。公元601年建塔时，是当时大兴善寺的高僧童贞和尚送舍利到仙游宫来的。史书曰：“以琉璃瓶盛金瓶，于舍利入其内，熏陆香为泥，涂其盖而印之，然后入铜函，再入石函，仁寿元年十月十五日午时下葬。”
仙游寺博物馆内庭院
1998年仙游寺因西安市黑河引水工程异地搬迁，国家批拨的款项被挪用，建了仙游寺博物馆。
在拆迁过程中也发掘出了众多佛教圣物与文物：舍利子：十枚，晶莹光洁，状如米粒。质如玉，颜色灰黄，贮于一琉璃瓶内。
琉璃瓶：大瓶身，细颈口。通体晶莹剔透，荧光闪闪，被丝织的包裹。此比织物因年代久远，已难以分离，估计应为“九重锦袱”。锦袱包着琉璃瓶，置于一精美的鎏金铜棺内。
鎏金铜棺：底座内镂空孔洞工艺，稍作擦拭，即露出金色光彩。铜棺也是以锦袱包裹，三道丝绳捆扎，置于一石函内。
石函：方形，四面雕满线刻画，为１０位乐舞伎捧乐器演奏舞蹈状。乐器有笛、笙、竽、琵琶等，衣带飘飘，颇具神韵。石函上正中置一熏香炉。
熏香炉：棕褐色，圈足带盖，质地是黑釉陶瓷。盖可揭开，当年的熏香灰赫然在目。
石碑：在石函的左侧。青石质，方形，边缘也雕刻有精细的线刻画。正面镌刻着隋代的《舍利塔下铭》：“维大隋仁寿元年岁次辛酉十月辛亥朔十五日丁丑，皇帝普为一切法界，幽显生灵，谨于雍州铥稨县仙游寺，奉安舍利，敬造灵塔”云云。阴面镌刻着唐代《仙游寺舍利塔铭》，叙述唐玄宗开元四年（７１６）重出舍利，修葺灵塔的简单经过。铭文记载：“开元十三年十二月十五日下。”
萧索寥落的现状
据仙游寺文馆所所长王殿斌考证：地官发现的十枚舍利，是隋文帝在仁寿年间安置的佛舍利。隋文帝说：“我兴由佛”。他将古印度婆罗门沙门送的舍利放在皇宫供养，后又造塔安置。难道某个大德高僧舍利能让他在全国兴师动众搞一次造塔运动?我国台湾佛光山当代大德沙门煮云法师所撰《佛门异记》中记述：隋文帝未即位前遇—梵僧，以舍利一袋相送，并说：“檀越(即施主之意)他日为普天慈父，此是大觉遗灵，留汝供养。”“大觉”者，释伽牟尼也。《无量寿经》载：“佛为法王，尊超众圣，普为一切天人之师。”法王是对释伽的尊称，法王塔即佛塔。再说隋碑中有“值佛闻法，永离苦空，同升妙果”之句，明确地官安放舍利就是“值佛”。值，遇也。见塔即见佛。地宫唐碑有言：“雁塔休工”，“雁”者“雁王”之简称也。雁王是释伽牟尼佛的别称。传说佛有三十二相，手足之间，有缦网交络如雁掌，故称雁王。所以说“雁塔”即佛塔。因此，地宫舍利应为释迦牟尼的灵骨。
迁址重建--简陋的仙游寺
如今十一年过去了，西安市民早已喝到甘冽充足的黑河水，但重建的仙游寺与法王塔却已失去了往日的风光。
在马召镇时，就能看到在山梁上耸立的佛塔，经过镇上山,颠簸难走的土路，映入眼帘的是山梁上一圈不大的砖墙环绕着迁建的七层法王塔，孤耸在一座四周野草丛生小山包上，围墙大门紧锁，敲开后看门人说只有佛教居士才能参观，平时不接待游客，塔身坐北朝南，一层供奉着卧佛，不知是否建完的一层下，按照原塔原样挖建有地宫，而放舍利棺椁的水泥地洞里面空空如也，盖子半搭在地洞口。塔基地面埋设的效果灯也是锈迹斑斑。
师父自筹资金建了简陋的寺院，位于原址北1.5公里处的金盆北梁。
离开佛塔朝南五百米路过慧超大师纪念碑，就是搬迁在山梁上背北向南面对水库的仙游寺了，若不是当地人介绍，乍一看还以为是看山的村民在这里临时搭建的房子，房顶全是由石棉瓦搭盖，踏进圆拱形门正面即是寺院大殿，大殿外左手有祖师殿，院子里未硬化的地面也倒干净，只是在拐角处搭有鸡窝。右侧屋门边上挂有当地佛教协会的牌子，院内的常师傅介绍说，他从寺院未搬迁时就住着，到现在快二十年了，曾任过佛协的理事，当地政协委员，亲眼见证了仙游寺的搬迁，由于诸多原因，致使寺院现在成这个模样，愧对历代的祖师。今年听说政府又追加两百多万要修建寺院，他现在能做的只能是等着。
寺院庭院也甚为简陋
昔日仙游寺已不再风光，法王塔因没有舍利也就失去了它的灵魂，只有冰冷的躯壳立在荒岭上，如《长恨歌》中的“天长地久有时尽”一样，演说着佛陀所开示的苦、空、无常。
大雄宝殿可谓是“缺砖少瓦”
与商业化开发的旅游项目：“仙游寺博物馆”相比较，用于接引众生、实修佛法的寺院简直是破败不堪。回忆佛教曾经注重教化与实修的辉煌，而如今却成为一处处高档包装的“商业名片”，佛教实际上的衰微可见一斑。
